1.Главный корпус:
Экспозиция - "Мир Океана. Прикосновение…". Аквариумы с экзотическими обитателями тропических морей, история развития жизни в океане, органический мир далеких геологических эпох предстанут перед вашими глазами.
"РЫБЫ И ПТИЦЫ АНДРЕЯ МАРЦА" (скульптура), выставка живописи из фондов Музея.
Выставка "Памяти Н. Элерта (1922-2003 гг.)".
2.Музейное судно "Витязь":
Среда: экскурсия "Судьба корабля".
Четверг, пятница: экскурсия "Маршрутами морских экспедиций" с посещением "Янтарной каюты" и выставки "Морской Кёнигсберг".
Суббота, воскресенье: самостоятельное знакомство с экспозицией.
Среда-воскресенье: "Путешествие по морскому дну". Знакомство с историей исследования морских глубин, работой подводных археологов, фотографов, водолазов. В трюме корабля установлены глубоководные обитаемые аппараты в натуральную величину.
Экскурсии по предварительной заявке:
"От киля до клотика" ("Витязь" как уникальное техническое средство) для старших школьников и взрослых. Машинное отделение, действующая радиорубка и недоступные обычному посетителю уголки судна входят в маршрут. Они иллюстрируют информацию о специфике судовых механизмов, конструктивных особенностях корабля, работе технических служб на протяжении всего периода эксплуатации "Марса-Витязя",
"Витязь-флагман науки" (научные лаборатории),
"Загадки океана" (интерактивная детская выставка) для групп 5 - 20 человек. Возможность со всех сторон исследовать удивительные изобретения природы из мира животных и растений, перенестись в прошлое нашей планеты, заглянуть в мир воды через микроскоп, поставить научный опыт и получить сувенир на память.
3.Научно-исследовательское судно Российского космического агентства "Космонавт Виктор Пацаев":
Экскурсия "Космическая Одиссея" (только экскурсионное обслуживание, группа организуется каждый час). История покорения космических просторов нашими земляками на действующем судне космической связи.
Выставка "Как далеки от нас звезды" (Фридрих Вильгельм Бессель. Жизнь и деятельность). Знакомство с легендарным "королем астрономии XIX века", который сделал Кенигсберг астрономическим центром Европы, и астрономическими аппаратами, сконструированными им.
Новая экскурсия "Как далеки от нас звезды".
Суббота-Воскресенье. Работает планетарий.
4.Подводная лодка "Б-413":
Выставка "Из истории российского подводного флота" знакомит с историей развития подводного флота России, основными типами подводных лодок, условиями жизни и службы моряков-подводников.
5. Выставка "Исполины океана":
В павильоне представлен крупнейший в мире скелет кашалота, редчайшие биологические экспонаты; выставка знакомит с необыкновенной природой китообразных, историей китобойного промысла.
6. Выставочный зал:
С 10 по 29 сентября работает выставка "Рыбья реальность". Представлены рыбы, управляющие роботами!
7. Выставочный холл:
Выставка "Атака века. Триумф и трагедия".
8. Открытая площадка:
Коллекция якорей и океанографической техники.
9. Историко-Культурный Центр "Великое посольство" (Королевские ворота):
Познакомьтесь со сложной историей древнего Кёнигсберга, проследуйте дорогами прусских королей, узнайте о знаменитых иноземцах, дипломатических контактах между Пруссией и Россией.
Для посетителей открыт отреставрированный второй этаж, где разместилась выставка "Кирпичная история".