В течение последних нескольких десятков лет специалистами-реставраторами и представителями органами охраны памятников фиксировалось остро-аварийное состояние настенных фресковых росписей XVII века, которыми покрыты все поверхности стен в интерьере собора и на Северной паперти. Особенно на участках, близких к уровню пола, повсеместно наблюдалось отслаиваивание штукатурного слоя с росписями от кирпичных стен, повсюду фиксировались пушистые высолы, сырость, зеленые водоросли и плесень.
При такой критической ситуации единственной возможностью спасения уникальных фресок станет слабый подогрев интерьеров для исключения промерзания в зимний период в виде системы электроотопительных полов с предварительной подготовкой дренирующего основания под них, что и предусмотрено проектом реставрации, разработанным ГУП ЦНРПМ МК РФ.
В настоящее время в соборе подрядчиком ООО «Электра» вскрыты деревянные полы 1990-х гг., под которыми обнаружены остатки покрытия пола XIX века из чугунных плит, размерами 60 х 60 см. Ниже найдены фрагменты пола XVIII в. из ромбовидной керамики, уложенной на известковой стяжке поверх чернового кирпичного пола. На основании полученных данных в основном объеме Успенского собора и в Западной пристройке планируется воссоздание уровня и покрытия пола на период XIX века в виде имитации чугунных плит из керамогранита, размерами 60х60 см. Покрытие пола на Северной паперти и в церкви Владимира будет выполнено из керамической плитки, напоминающей кирпичную кладку. Возможно, в ходе работ удастся выполнить музеефикацию фрагментов покрытий пола различных столетий в одном зондаже.
Государственным контрактом нынешнего года с НПЦ «Древности Севера» предусмотрено полноценное научное изучение археологических слоев и соборного некрополя. В связи с этим требуется отправка человеческих останков в лабораторию на антропологическое изучение и анализ ДНК, а затем перезахоронение на прежних местах. Уже становится традицией присутствие на реставрационных советах музея Настоятеля Кирилло-Белозерского мужского монастыря Отца Игнатия, который пояснил, что Русская Православная Церковь не возражает против перезахоронения останков, если это вызвано необходимостью ремонта храма.
Параллельно работам по полам специалисты по реставрации живописи из МНРХУ занимаются противоаварийными работами по сохранению фресок.
Исследования по мониторингу температурно-влажностных режимов конструкций и воздушной среды ведут инженеры-технологи из ГосНИИР совместно с музейными специалистами. Кардинальное изменение режима эксплуатации памятника естественно повлечет за собой выполнение мероприятий, необходимых для полноценного ежедневного контроля микроклимата в полном объеме комплекса: замену устаревших столярных заполнений, устройство автоматических клапанов в световых проемах верхних ярусов, строительство защитных тамбуров во избежание сквозного продувания внутренних помещений. Параллельно будут проводиться работы по усилению конструкций, выявлению подлинных архитектурных деталей и элементов. Остро стоит проблема аварийной поздней некачественной западной стены Северной паперти. В этом месте конструкция всегда промерзает, наледь и снег долго не тает, кладка начинает просыхать только к концу июля, в течение всего года имеются сырость, зеленые водоросли, высолы. Кроме того, есть вероятность, что под закладкой сохранилась живопись, надо искать возможность ее сохранения и экспонирования.
Производство всего объема реставрационных работ рассчитано на несколько лет, т.к. помимо внутренних работ предстоит выполнить устройство дренажной системы, приведение в порядок фасадов, ремонт кровель и барабанов.