Графиня В.Н.Головина писала в своих мемуарах: " В этом прекрасном жилище было нечто волшебное, и обитала в нём женщина, обладавшая всем, чтобы нравиться и привязывать к себе". Упоминаемые личные покои императрицы Екатерины II, включающие Опочивальню, Туалетную, Табакерку, Рафаэлевскую комнату, Зеркальный и Серебряный кабинеты, располагались рядом с тремя парадными дворцовыми залами - Арабесковым, Лионским и Китайским, где протекала вся придворная жизнь.
В помещениях нижнего этажа Южного флигеля (1779-1785; арх. Ю.Фельтен), спроектированных и отделанных Ч.Камероном Дж.Кваренги, поочерёдно жили фавориты императрицы - Григорий Потёмкин, Александр Ланской, Александр Дмитриев-Мамонов и Платон Зубов, по имени которого впоследствии флигель получил название Зубовского.
В середине IX века хозяйкой апартаментов императрицы Екатерины II стала Мария Александровна - супруга императора Александра II. На первом этаже Зубовского флигеля в комнатах фаворитов были оборудованы личные комнаты императора: Передняя, Приёмная, Штандартная, Арсенальная, Буфетная, Азиатская, Кабинет, Туалетная, Камердинерская и Гардеробная. В Кабинете и Приёмной проходили государственные приёмы и деловые встречи, а гостей принимали на половине Марии Александровны.
Исключительна была художественная и историческая ценность этого комплекса, который погиб в пожаре 1944 года. В годы войны обрушились перекрытия, комнаты были почти полностью уничтожены. В Зубовском корпусе сохранились только остатки мраморных каминов, фрагменты живописи плафонов. В 1944-1946 годах были произведены обмеры разрушенных помещений, сняты и подвергнуты консервации образцы лепки и других сохранившихся деталей художественной отделки.
В послевоенные годы в период 1951-1957 лет здание Екатерининского дворца было отдано Военно-морскому училищу с правом реконструкции и приспособления к его нуждам. Историческая планировка и габариты помещений были нарушены. Появились новые перекрытия, лестницы и санузлы, а также перегородки и проёмы. В самом здании находились три котельных с загрузкой угля непосредственно с фасадов. На всех этажах Зубовского корпуса и Южного флигеля были устроены общественные санузлы, помещения приспособлены для спален и классов курсантов, на месте бывшей Туалетной Екатерины II построена железобетонная лестница, а первый этаж приспособлен под столовую с кухней.
В 1957 году Екатерининский дворец вместе с Зубовским флигелем был передан в ведение Дирекции дворцов и парков г.Пушкина и началось планомерное восстановление всего здания как историко-художественного музея. Однако в 1960-х годах в Зубовском флигеле размещались сначала однодневная база отдыха и обслуживающий её ресторан и столовая, а несколько позднее - реставрационные мастерские художников, резчиков и позолотчиков. Часть помещений пустовала, так как перекрытия над ними были в аварийном состоянии.
С открытием Антикамер, которые замыкают анфиладу дворцовых залов середины XVIII века, началась реконструкция Зубовского флигеля. Практически с 2003 года по проекту А.А.Кедринского ведётся полная реконструкция флигеля с заменой перекрытий и восстановлением исторической внутренней планировки. Генеральным подрядчиком выполнения этих масштабных работ является ООО "Ресстрой" (Генеральный директор - Г.Л.Кравец).
Сегодня бывшие апартаменты императора Александра II стали экспозиционными залами. Инфраструктура нового музейного комплекса - вестибюль, гардероб, лифт, современные системы кондиционирования и вентиляции должны создать комфортные условия пребывания посетителей Екатерининского дворца в новой музейной зоне.
